Sangsoo Kim, ​Ph.D. 김상수 金尙洙

Introduction to Genomics (유전체학개론)

 

Starting 2014 fall semester, this course covers principles and practices of microbial genome analysis. First, we review a microbial genome sequencing paper that was based on Sanger sequencing, pinpointing some basic concepts and principles behind the project. Using Sanger trace data downloaded from NCBI, we assemble the genome and compare it with the closely related reference strain. We also predict genes from the genome sequence and annotate their functions based on COGs. Consecutive clustering of a COG category may be a potential operon. Such features are sought. 

 

원래 이 과목에서는 바이러스, 미생물, 동식물, 인간 게놈프로젝트들을 리뷰하며, 게놈 연구 방법론 및 프로젝트를 통해서 알게된 생물학적 지식을 공부했으나, 2014년부터는 실습을 통해서 이론을 배워나가자는 뜻에서 새로운 방식으로 강의하고 있음. 예를 들면, 지금은 고전적이 되어 버렸지만, 생거방법으로 미생물 게놈을 시퀀싱한 데이터를 다운로드하여 이를 조립하고, 거기서부터 유전자를 예측해내고, 이들 유전자의 기능을 예측하는 전형적인 게놈 프로젝트를 실습함. 모든 실습은 리눅스 컴퓨터를 이용하며 따라서 리눅스 명령어를 자연스럽게 배우게 됨. 2020년 종강

 

PREZI presentation of the lecture

 

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