Sangsoo Kim, ​Ph.D. 김상수 金尙洙

Metagenomics

 

다양한 환경에서 미생물들은 균총을 이루고 있다. 인체만 보더라도, 장내, 구강내, 피부 등에 미생물들이 서식하고 있다. 자연계나 생물계에도 마찬가지이다. Next Generation Sequencing 기술을 이용하여 환경 샘플을 종 단위로 분리하지 않고 직접 시퀀싱한 후에, 데이터 분석을 통하여 균총에 대한 정보를 얻어내는 방법을 metagenomics라고 한다. 여기에는 크게 2 가지 접근법이 있는데, 16S rRNA의 특정 부위만을 증폭하여 어떤 종이 얼마나 많이 서식하고 있는지에 대한 정보만을 얻는 것과 아예 각 미생물의 전체 게놈의 서열을 조립해내는 whole metagenome sequencing이 있다.  후자는 각 미생물에 대한 정확한 종 판별과 함께 그 양도 정량할 수 있는 방법으로서 최근 각광받고 있다.

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본 강좌에 2020년 2학기에 처음 개설되었는데, 16S rRNA amplicon sequencing 데이터를 이용한 metagenomics 방법론에 국한하여 다룬다. 특히, mothur 소프트웨어를 중심으로 분석 각 단계를 찬찬히 들여다 본다.

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마지막에는 metagenomics 데이터세트를 재분석하여 그 결과를 공개한 MGnify DB를 활용하는 방법을 학습한다.

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